本发明公开了一种纤维素降解菌株的筛选方法及应用，属于微生物技术领域，一种纤维素降解菌株的筛选方法及应用，包括产纤维素酶真菌分离和菌株的筛选分离，所述菌株的筛选分离包括取富集菌液依次稀释，分别从中取涂布到羧甲基纤维素钠培养基上，在恒温箱培养后，挑取单菌落分别点种3个CMC‑Na平板上，于恒温箱培养，用刚果红溶液对平板染色形成羧甲基纤维素钠‑刚果红固体培养基，用氯化钠溶液浸洗，采用十字交叉法测量CMC‑Na平板上透明圈直径和菌落直径，选取Hc值较大且快速生长的菌落进行划线分离纯化并保存，可以实现通过克隆株菌里的纤维素酶相关基因，导入表达载体，异源表达，提高纤维素酶降解效率。