本发明公开了一种窄矩形通道的两相流实验测量系统及其测量方法，包括有实验装置，实验装置包括不锈钢薄片、不锈钢凸台基座、G10玻璃纤维外壳、石英玻璃和不锈钢压板；外壳上设置有镂空槽和两处容水腔，镂空槽与容水腔通过连接槽连接，两处容水腔还分别设置有进水口和出水口；不锈钢薄片、不锈钢凸台基座安装在镂空槽内；镂空槽、连接槽和石英玻璃形成窄矩形通道；石英玻璃通过不锈钢压板固定在窄矩形通道上；不锈钢薄片和不锈钢凸台基座上设置有若干测温孔。本发明通过带有不同表面特性的不锈钢薄片分别去进行在微通道中的流动沸腾换热特性实验，对比不同表面的流动沸腾换热压降数据，得出表面改性在微通道中对流动沸腾换热压降的具体影响。