本发明公开一种海底压力场构建、应用方法和系统，涉及海洋数据处理技术领域。方法包括：对海洋区域进行网格划分后，采用迭代法确定每一网格点的第一密度，基于第一密度和每层海水密度的平均值确定每一网格点的第二密度，采用迭代法基于第二密度确定斜压海底压力，确定海洋区域的正压海底压力，基于斜压海底压力和正压海底压力构建海底压力场。本发明基于可靠的物理法则，充分利用现有观测信息，具备普适性，能够为质量守恒类数值模式开展数值预报提供可靠的海底压力初值，提升该类数值模式的业务预报准确度。