本发明公开了一种防止并联电抗器低频振荡匝间保护误动的方法和系统，应用于目标电力系统，目标电力系统为带串补线路的电力系统；包括：实时获取目标电力系统的高压并联电抗器的电流采样；在目标电力系统的电抗器保护启动后，基于电流采样确定高压并联电抗器的谐波总畸变率和电流采样的直流分量；基于谐波总畸变率，确定第一阈值；基于直流分量和预设拟合曲线，确定第二阈值；基于第一阈值和第二阈值，确定目标匝间零序电流阈值。本发明的有益效果在于能够准确识别高压并联电抗器低频LC振荡导致的饱和程度，有效防止匝间保护误动，同时降低对匝间保护灵敏度的影响，简单可靠，易于实现，具有广泛的适用性。