本发明公开了一种保护隐私的电网用户用能分析方法、系统及存储介质，属于智能电网技术领域，方法包括：获取用能分析服务器与各电网用户之间的共享密钥；根据预构建的Lenet‑5网络模型，通过所述用能服务器，使用所述共享密钥，向各所述电网用户发送用能分析请求；响应于所述用能分析请求，根据私密性点乘算法，通过各所述电网用户，使用所述共享密钥，向所述用能服务器发送用能分析应答；响应于所述用能分析应答，根据所述Lenet‑5网络模型，通过所述用能分析服务器，输出用能分析结果。该方法在解决用能数据隐私问题的同时，解决数据完整性保护问题。