本发明提供了一种小麦叶锈病抗性蛋白及其编码基因和应用。其中，上述小麦叶锈病抗性蛋白，包括如下(a)‑(c)任一所示：(a)具有SEQ ID NO：3所示的氨基酸序列组成的蛋白质；或(b)在(a)中的氨基酸序列经过取代和/或缺失和/或添加一个或几个氨基酸且具有抗小麦叶锈病活性的蛋白质；或(c)与(a)和(b)中任一所限定的氨基酸序列具有80％以上同源性且具有相同功能的蛋白质。该蛋白质具有小麦叶锈病抗性，解决了现有技术中小麦易染叶锈病、染病后产量损失严重的问题，适用于小麦育种领域。