本发明涉及阻燃抗菌聚酯纤维的技术领域，公开了一种纳米氧化锌改性阻燃抗菌聚酯纤维及其制备方法，所述聚酯纤维的原料包括：精对苯二甲酸、乙二醇、纳米氧化锌‑纤维素纳米晶、抗氧剂和催化剂；所述纳米氧化锌‑纤维素纳米晶的添加量占聚酯纤维质量的5000~10000ppm。本发明采用纤维素纳米晶对氧化锌进行表面修饰，既能够促进纤维素纳米晶在燃烧过程中成炭作用，从而提高阻燃性能，又能够提高在聚酯纤维中的分散性和增强作用，进而纤维的可纺性更佳，聚酯纤维在提升阻燃抗菌性能的同时，也能保持较好的力学性能和色相，最终提升产品品质，降低成本。