本发明属于隧道设计施工技术领域，具体涉及了一种穿断层隧道的防水减震柔性接头结构及施工方法，旨在解决现有二次衬砌抗震接头构造复杂且抗震效果不佳的问题。该穿断层隧道的防水减震柔性接头结构包括环向布设于隧道的二次衬砌中的一环状拱架和包裹于环状拱架外的减震橡胶套；环状拱架朝向二次衬砌的两侧均设置有环状凹槽，二次衬砌浇筑嵌入凹槽内。本发明能有效提高二次衬砌抗冲击性能，减轻高烈度地震动作用下隧道结构及接头部位的破坏，并且设计巧妙，无需再制作特殊模具，施工工艺简单。