本发明公开了一种FIR滤波器的自动增益补偿方法及系统，包括：确定目标滤波器的抽头系数，并对所述抽头系数进行增益倍乘并取整处理，以获取所述目标滤波器的抽头系数增益倍乘移位比特数；获取滤波器的输入端接收的通信信号的平均功率值，并计算所述通信信号的平均功率值的有效比特位数；根据所述抽头系数增益倍乘移位比特数和所述通信信号的平均功率值的有效比特位数，确定所述目标滤波器的自动增益补偿值；根据所述自动增益补偿值对所述目标滤波器的输出数据进行增益调整。本发明的自动增益补偿方法，可根据输入端接收的通信信号的平均功率值自适应调整FIR滤波器的增益补偿值，确保了滤波输出信号精度，提高了数字通信系统信号接收解码处理的性能。