本发明公开了一种用于生态烟叶防治病虫害的方法，包括：配置由植物源杀虫剂、液态微生物菌剂和水组成的生态药剂，其中，所述植物源杀虫剂包括印楝素乳油和苦参碱；在烟株生长的不同阶段，将配置的生态药剂分三次喷施到生态烟叶上；在烟株生长过程中，对生态烟叶的农艺性状、病害发生率、经济性状和内外烟叶质量进行评价。本发明的用于生态烟叶防治病虫害的方法，通过使用生态药剂和生物菌剂技术，实现生态烟叶生产过程，减少农药使用和残留，同时有助于烟叶产区的品质提高和丰产增收；能够为推广应用高效低毒的植物源杀虫剂及微生物菌剂提供依据，对于减少化学农药对烟叶品质和安全性的影响提供技术支持，同时使烟叶的香气品质，吃味明显改善。