本发明公开了一种盐酸金霉素组合物其制备方法和用途，该盐酸金霉素组合物包含分开存放的A组分和B组分，所述A组分含有具有两级结构的盐酸金霉素有序聚集体，其中一级结构是平均粒径为0.1～1μm的颗粒，二级结构为由所述一级结构形成的平均粒径为10～1000μm的空心或凹陷球结构，或甜甜圈结构，所述B组分包含酸。使用时，将A组分配制成盐酸金霉素的浓度为养殖自动化饮水线临床推荐浓度的20～500倍的悬浮液，将B组分配制成质量浓度为5‑50％水溶液，含盐酸金霉素有序聚集体的药液和含酸的水溶液分别通过比例泵加药器加入到养殖自动化饮水线中，获得均匀的盐酸金霉素水溶液，不会造成饮水线阻塞。