本发明公开了一种智能蒸汽灭菌系统及蒸汽灭菌方法，属于蒸汽灭菌技术领域，系统包括灭菌单元和输送单元，灭菌单元包括灭菌厢体和高温蒸汽制备装置，灭菌厢体内、外分别设有蒸汽喷嘴以及进出口、排气装置，进出口处设有侧开厢门；输送单元包括交驳平台车、货物周转车、动力导轨牵引车以及输送轨道，输送轨道包括进出轨道段、停泊轨道段以及设置在交驳平台车上的对接轨道段。方法包括S1、放置镂空货架框；S2、打开侧开厢门，轨道对接，推入货物周转车，轨道脱节，关闭侧开厢门；S3、排空空气；S4、通入水蒸汽；S5、排空水蒸汽；S6、二次灭菌；S7、保压处理完成灭菌；S8、排空水蒸汽，打开侧开厢门，推出货物周转车。有效减少运送工序节省输送时间。