本发明涉及高聚物薄膜成型制备技术领域，公开一种高阻水性PET保护膜的双向拉伸制备方法。本申请的双向拉伸制备方法包括：（1）制备改性PET母粒：重量份的对苯二甲酸55～70份和乙二醇90～110份在羧甲基化壳聚糖10～20份和羟基三元羧酸2～5份存在下酯化聚合；（2）双向拉伸成膜：将PET树脂基材和改性PET母粒混合挤出铸片，改性PET母粒用量不超过总质量的40%，然后在温度105～115℃、拉伸速率120～90mm/s、横纵向拉伸倍率为3～4的条件下双向拉伸铸片。本发明方法所得PET保护膜阻水性得到明显的提升，且还具有一定的抑菌和阻氧功能，力学强度较高，能够满足更高程度的阻水需求。