本发明提供了应用于污水处理领域的一种混合处理酸性矿业废水和养殖废水的多路耦合系统，该系统通过微生物燃料电池、微生物电解池和微离心生物沉淀池的配合使用，可实现酸性矿业废水与养殖废水进行多路耦合同步处理，相较于现有技术，各种废水无需单独处理，从而有效简化总体的操作繁琐度，同时大幅度降低对化学试剂的需求，有效避免因废水处理对环境造成的二次污染；并且本方案中电流温和、不刺激，微生物产生的电流更有利于微生物的生长环境；在MFC与MEC双重强化作用下，实现废水净化；净化后的水流污染性低，废水中的污染物被充分分离、吸收且操作难度低、对人力成本要求不高，成本低、操作简单且效率高。