本发明公开了一种用于治疗青光眼的病毒包装质粒，包括由腺相关病毒AAV包装的含青光眼治疗基因的质粒，其中，所述腺相关病毒AAV为AAV‑DJ血清型。本发明还公开了所述病毒包装质粒的制备方法和应用。本发明通过对多种不同AAV血清型的比较，优选出了具有较高病毒感染效率及组织选择性的AAV‑DJ血清型用于包装病毒，有助于提升治疗效果；本发明首次采用腺相关病毒AAV包装含青光眼治疗基因的质粒，经动物实验证明能够显著降低眼压，并且使得房水流出更容易，为治疗青光眼开发了一种新的治疗手段。