本发明公开了一种水轮发电机组启动频率分析方法、装置及系统，所述方法包括实时获取水轮机的实测导叶开度；根据机组水头参数对所述实测导叶开度进行比例调节处理，获得预测导叶开度；将所述预测导叶开度输入至水轮发电机组一阶惯性环节，获得水轮发电机组预测频率；将所述水轮发电机组预测频率与水轮发电机组实测频率进行比较，并根据比较结果决定保留水轮发电机组实测频率，或采用水轮发电机组预测频率代替水轮发电机组实测频率。本发明能够判断水轮发电机组实测频率的合理性，自动过滤干扰信号，提高机组启动成功率。