本发明提供一种运行状态下的变压器保护潜伏性故障识别方法，用于包括主变、高低压侧母线的变电站上；高压侧母线通过高压侧断路器连接主变，线路上设有与高压侧保护装置相连的高压侧电流互感器；低压侧母线通过低压侧断路器连接主变，线路上设有与低压侧保护装置相连的低压侧电流互感器；方法包括：在低压侧母线发生故障后，对高压侧母线、主变及低压侧母线三者间的故障电流存在情况进行检测；若有，对高压侧保护装置、高压侧断路器、低压侧保护装置及低压侧断路器是否动作及动作正常与否进行识别，并根据识别结果，确定变压器保护潜伏性故障类型。实施本发明，可准确识别运行状态下的变压器保护潜伏性故障，不仅成本低，还省时省力。