本发明涉及虚拟桌面技术领域，公开了一种用于容器内GPU加速的虚拟桌面管理系统和服务器，包括功能模块、相连接的数据库；功能模块包括互相连接的系统状态收集展示模块、第一管理模块、第二管理模块和资源回收模块；系统状态收集展示模块用于生成可并行访问的运行实例，访问后台进程数据并进行展示；第一管理模块用于生成容器实例和容器网络设备；第二管理模块用于在已运行的容器内生成多用户态、多用户资源和用户网络设备；资源回收模块用于动态监控系统资源，对容器内的用户数据和数据库中的临时表数据进行清理；本发明实现了容器内GPU的加速运算，管理和监控多容器资源的整合，为实现容器内GPU加速提供了通用的解决方案。