本发明公开了一种基于多目标优化理论的综合能源系统能效优化配置方法，结合运筹学最优化理论和工程应用的实际需求，从综合能源系统视角建立工业园区能效优化配置的目标函数；通过对现实情况的模型化分析，建立工业园区综合能源系统能效优化配置的约束模型；提出适用于工程应用的融合模拟退火特性的改进遗传算法。通过本发明所建立的工业园区能源系统能效优化配置方法，能够对工业园区内各类典型场景的能源系统进行精细化设计，支持在保障成本效益的前提下提升整个能源系统的整体能效水平；此外，本发明还能给出运行调度阶段的运行策略建议，给下一步能效优化和能效提升方案设计提供定量的依据。