本发明涉及一种结合非临床数据的药物不良反应预测方法和系统，属于药物不良反应预测技术领域，解决了现有技术中未利用非临床数据、预测准确性和效率低的问题。方法包括以下步骤：获取药物的非临床数据以及药物与不良反应关系数据，基于药物的非临床数据以及药物与不良反应的关系数据构建训练样本数据；构建结合深度药物表示和浅层协同过滤的联合训练网络模型，基于所述训练样本数据训练所述联合训练网络模型得到训练好的药物与不良反应关系预测模型；获取待预测药物的非临床数据，基于待预测药物的非临床数据和所述药物与不良反应关系预测网络得到待预测药物与不良反应的关系。提高了药物不良反应预测的准确性和预测效率。