本发明涉及继电保护技术领域，一种机端断路器非全相保护方法及装置。在发电机组处于并网运行状态下，机端断路器两侧有压，机端断路器两侧一相或两相电压满足自适应差值判别条件，且无差流启动闭锁，则非全相保护经第一延时动作；在机端断路器跳闸且机端断路器两侧有压时，若主变高压侧断路器跳闸，且主变压器低压侧自产零序电压大于第一预设阈值或者主变侧电压不平衡，则非全相保护经第二延时动作；若主变高压侧断路器未跳闸，且机端侧电压自产零序电压大于第二预设阈值或者机端侧电压不平衡，则非全相保护经第三延时动作。采用自适应差值判别方法实现机端断路器非全相保护，提高了非全相保护的可靠性。有效提升了机组保护装置的整体性能。