本发明公开了一种旁代变压器方式下旁路断路器失灵的继电保护方法，解决双母线带旁路母线接线的220kV变电站在旁路断路器代替变压器断路器运行方式下旁路断路器保护失灵的技术问题。本发明采用将1号或2号变压器保护开出信号、旁路断路器保护开出信号和旁路断路器CT二次电流接入六统一母线保护中空置变压器支路，构成旁路断路器在旁代变压器方式下的旁路断路器失灵保护。防止在旁代变压器方式下，旁路断路器无失灵保护运行，能够快速切除故障，保证电网安全稳定运行，提高电网供电可靠性。通过投退压板，本旁路断路器失灵保护也适用于旁路断路器空充220kV旁路母线方式和旁带1号或2号变压器方式下的旁路断路器失灵保护。