本发明提供了一种无功补偿装置与储能协调优化配置方法和系统，方法包括：建立保障新能源集群系统电网强度及提高电网电压支撑能力的短路比指标约束模型；建立以系统总成本最小指标、最小弃电率指标及最大化系统强度指标为目标的双层优化配置模型，上层为无功补偿装置与储能配置模型，下层为运行优化模型；上层将无功补偿装置与储能配置信息输送给下层模型，下层模型根据无功补偿装置与储能配置信息进行优化计算得到优化结果并反馈给上层模型，使得上层模型可以依据优化结果计算得到上层模型的目标函数值。本发明依据调相机、SVC、SVG以及新能源自身无功对系统短路比的影响机理，建立了短路比指标约束模型，进行无功补偿装置的综合配置。