本发明提供一种双壳贝类多层平面流循环养殖系统及养殖方法，双壳贝类多层平面流循环养殖系统包括供水池塘、净化沟、大棚、多个养殖装置和供水泵，供水池塘与净化沟连通，供水泵的进口与净化沟连通，出口与各养殖装置连通，养殖装置设置在所述大棚内，大棚的底部设有排水沟，排水沟与供水池塘连通。本发明能够利用海水养殖池塘或者池塘养殖尾水中的营养成分，进行高效的贝类养殖，既能获得可观的贝类养殖产量，又能使养殖尾水得到净化，使其能够符合无公害排放或者循环使用的标准。