本发明涉及一种储能集装箱吊装机械的控制系统及控制方法，控制系统包括：储能单元，储能单元包括电池组、电池组管理系统、直流耦合器、保护开关和制动电阻，电池组与电池组管理系统直接或间接连接后与直流耦合器连接，制动电阻串联保护开关后与直流耦合器连接；动力及辅助单元，动力及辅助单元包括辅助用电系统、总动力系统和能量回收系统，辅助用电系统、总动力系统和能量回收系统分别连接于直流耦合器；监测控制单元，监测控制单元包括整车控制系统和信号传感器，整车控制系统分别与储能单元和动力及辅助单元连接。本发明利用锂电池模组高比能量的特性和超级电容模组高比功率、长寿命特性，有效降低锂电池模组充放电功率与频次，延长系统寿命。