本发明涉及一种抗菌肽突变体Sub168‑QC/R、重组菌株及其应用，属于基因工程及生物技术领域，所述的抗菌肽突变体Sub168‑QC/R的氨基酸序列如SEQ IDNO.1所示，核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还提供包含SEQ ID NO.2的重组载体和重组菌株。本发明抗菌肽突变体Sub168‑QC/R对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌等多种致病菌的抑制活性较原抗菌肽Sub168均有提升，且对胰蛋白酶的稳定性也得到提升。此外，抗菌肽突变体Sub168‑QC/R也显示出良好的热稳定性、pH稳定性和胃蛋白酶稳定性。本发明涉及的突变体在制备新型抗菌剂及其应用方面具有很大的优势及潜力。