本发明提供了一种基于巴特沃斯滤波的电离层掩星闪烁指数S4计算方法，包括以下步骤：从电离层掩星原始观测数据中读取掩星观测时间和高采样观测量；利用拉格朗日插值计算LEO位置，所述LEO为低轨道地球卫星；根据卫星轨道六根数计算GNSS卫星的位置；修正传播延迟并计算导航星的位置；计算得到GNSS卫星相对LEO的高度角；通过得到的高度角范围进行无效观测数据剔除；计算WBP中心均值，并计算NBP和WBP比值NP后计算NP均值mu，所述WBP为宽带功率，NBP为窄带功率；计算能量值SI、信噪比SNR和载噪比CN0；对SI进行滤波得到Sidet，并计算SIdet的相干累加和非相干累加量；计算S4闪烁指数。本发明有益效果：提升对电离层60km~500km区域的闪烁事件进行监测。