本发明涉及曲轴中心孔加工技术领域，具体涉及一种曲轴中心孔的加工方法、系统、设备及存储介质，步骤如下：获取曲轴毛坯的三维形状数据，在三维形状数据库中确定该曲轴毛坯所属公差等级及对应的暂定中心孔位置；分别将若干个暂定中心孔位置作为基准进行曲轴毛坯的加工模拟，获取最终形状的第一不平衡矢量；获取当前机床侧中心钻的第二不平衡矢量并与第一不平衡矢量进行融合分析，确定该曲轴毛坯在机床侧加工过程中的动不平衡矢量；计算出最趋近于零的中心孔位置，将该位置作为同属等级中所以具有相同第二不平衡矢量的曲轴毛坯的中心孔位置。本发明使得加工工序后的曲轴旋转不平衡量趋近于零；此外能够大幅度地提高中心孔效率，降低生产成本。