本发明公开了一种用于核电机组的瞬态归类处理方法及系统，对核电机组产生的瞬态进行初步归类，对于无法归类到相应类别的瞬态进行二次判别；对未归类瞬态给出设计瞬态的归类建议；若各个关键部位的交变应力强度均小于相应的材料疲劳极限，则将未归类瞬态归类为建议的设计瞬态，否则，则需对不满足条件的关键部位进行进一步判断，若在未归类瞬态下引起的疲劳使用因子均相应小于在建议的设计瞬态下引起的疲劳使用因子，则将未归类瞬态归类为建议的设计瞬态。本发明提供的瞬态归类处理方法及系统通过评估瞬态引起的机械部件疲劳损伤将无法归类的运行瞬态进行归类，大大提高了目前瞬态归类和计数的效率。