本发明涉及感潮河道枯水期抑咸的技术领域，尤其涉及一种潜伏式充水橡胶坝抑咸方法及系统。所述方法包括以下步骤：利用GIS对河道进行感潮区域的历史水文数据采集，生成历史水文数据；根据历史水文数据进行枯水期水文数据提取处理，生成枯水期水文数据；利用卫星遥感技术对河道进行河道地形采集处理，生成河道地形数据；利用计算机模拟技术对历史水文数据与河道地形数据进行河口区感潮河道的三维数字模型建立，生成河道控制断面三维模型。本发明通过枯水期涨潮期咸潮上溯时对橡胶坝充水至目标高度及体积，达到抑咸效果；枯水期落潮期时对橡胶坝排干，使得河道河床恢复原状，以实现对河道的枯水期时的抑咸效果。