本申请提供一种病历建档管理方法及系统，涉及建档管理技术领域。该方法包括获取病历数据，根据病历数据进行以疾病为第一分类类别的归类，形成针对不同疾病的疾病信息数据库；获取不同疾病的疾病信息数据库的诊疗数据，进行以窗口指标为第二分类类别的归类，形成针对不同疾病的病情阶段数据；获取不同疾病的病情阶段数据，进行以相关指标为第三分类类别的归类，形成针对不同病情阶段的病情差异数据；获取不同疾病的疾病信息数据库的治疗数据，并与病情差异数据进行匹配，形成疾病治疗关联信息；将疾病治疗关联信息与患者数据进行关联，形成基于疾病的患者病历档案库。其通过高效合理的设计病历建档管理来实现对门诊工作的功能性辅助。