本发明提供一种高温气冷堆核电站控制棒系统的调试方法，包括如下步骤：在一回路冷态工况下以及在一回路热态工况下，首先，对每根控制棒依次进行限位触发试验，计算控制棒在限位触发时的重复性误差；其次，对每根控制棒依次进行全行程运行试验，记录控制棒的起始棒位、起始时间、停止棒位以及停止时间，计算控制棒由起始棒位到停止棒位的运行时间以及运行速度；最后，按照预设顺序对控制棒进行断电落棒试验，获取落棒时间并计算落棒速度。本发明的一个技术效果在于设计合理，不仅可以对控制棒系统的功能进行全面验证，还能获得控制棒限位触发的重复性误差、全行程运行时间以及速度和断电落棒时间以及落棒速度。