本发明公开了一种用于多端配电网的自同步保护方法及系统，属于有源配电网的保护控制技术领域。本发明方法，包括：对所述电气量瞬时值数据进行滤波处理，以获取所述配电网节点电气量的电流滤波输出值和电压滤波输出值；对所述同步的电流滤波输出值数据进行预处理，以得到分组电流值；基于所述皮尔森相关系数和加权皮尔森相关系数，确定配电网发生区内或区外的故障，并根据配电网的区内或区外故障，控制配电网执行保护动作。本发明能通过确定的皮尔森相关系数和加权皮尔森相关系数，判定配电网是否发生区内故障或是区外故障，因此，能够快速的确定配电网是否发生区内故障或是区外故障。