本发明涉及音视频同步处理的技术领域，更具体的，涉及一种基于TS流的音视频同步方法、系统及存储介质。其包括读取TS流数据帧，并将所述TS流数据帧解封装；同步装置获取并计算当前帧与前一帧PTS的差值，判定所述差值是否为TS异常数据类型；当所述差值为TS异常数据类型时，同步装置则进一步判定当前帧的类型；若当前帧的类型为视频帧，同步装置则将当前帧做丢弃处理；若当前帧的类型为音频帧，同步装置则重新调整偏移值，并判定当前帧是否做解码处理；若做解码处理，转码器进行解码处理。本发明通过偏移探测和校正错误规避流，从而实现正常转码使音视频同步。