本发明属于稳定同位素分离技术领域，具体公开了一种稳定碳同位素的分离方法。本发明公开的稳定碳同位素的分离方法具体包括如下步骤：先将碘甲烷通入第一气体离心机，从精料管口和贫料管口分别分离出第一精料和第一贫料；然后再将第一贫料通入第二气体离心机，从精料管口和贫料管口分别分离出第二精料和第二贫料。第二精料与初始碘甲烷混合再次通入第一气体离心机。本发明公开的方法与现有方法相比具有分离效率高，分离难度低以及丰度高的优势，而且本发明分离方法简单，适宜推广应用。