本发明涉及工程施工技术领域，尤其涉及一种深厚软土地区土体变形和振动气囊隔离结构。本发明包括支撑架和地基，支撑架设置在地基的顶部，支撑架的内侧装配有钻孔机构，钻孔机构用于在地基内进行钻孔，支撑架与地基之间装配有防土体变形机构，防土体变形机构用于防止深厚软土地区土体变形和振动，钻孔机构包括第一液压油缸、第一移动板、第一电机和钻杆，支撑架内侧的顶部固定有两个第一液压油缸，第一液压油缸的输出端固定有一第一移动板。本发明通过钻孔机构和防土体变形机构的结构设计，以及充气后的土工袋具有柔性变形作用，能够通过气体反力，平衡隔离孔孔壁土压力，可以将工程施工的振动效应进行彻底消减，提升了安全性。