本发明提供一种基于有效反应截面的地层孔隙度计算方法和系统，其中和方法包括步骤：基于快中子输运与伽马衰减理论，确定有效反应截面理论计算公式；基于有效反应截面理论计算公式，通过超定方程组求解的方式确定不同物质的有效反应截面以及关系式系数；采用非弹伽马比和超热中子比测量有效反应截面，利用各物质的有效反应截面对测量公式进行刻度；利用测量的有效反应截面待检测地层的孔隙度。上述方法得到的新参数有效反应截面与传统的中子孔隙度对比，其孔隙度灵敏度更高，测井响应符合体积物理模型，不受挖掘效应的影响，更适合于复杂储层孔隙度评价。