本发明提供了一种交岔巷道高强控制系统及施工方法，属于巷道支护技术领域，该系统包括位于巷道的交岔区的拱架组件、多个两帮支护装置、多个均压装置和两个固定座，巷道的交岔区包括巷道顶板、巷道底板和两帮围岩，拱架组件包括多个支撑部，支撑部连于巷道顶板、巷道底板和两帮围岩；两帮支护装置连接于支撑部和两帮围岩；均压装置接于支撑部的外侧；一个调节固定座连接于支撑部的顶部，另一个调节固定座连接于支撑部的底部；通过两个调节固定座将多个支撑部连接成稳定的封闭拱。本发明能够针对巷道的交岔区的不同危险点进行针对性支护，降低围岩破碎程度，提高对巷道顶板的承载能力以及对两帮围岩的支护效果。