本申请涉及一种高效水体环境DNA智能采集装置及采集方法，涉及DNA采集装置技术领域；高效水体环境DNA智能采集装置包括底板，底板的侧壁贯穿穿设有储水罐，储水罐的内部滑动连接有推动块，推动块远离底板的一侧设置有采样桶，采样桶远离推动块的一侧设置有进水管，进水管和采样的内部相通，进水管上设置有电磁阀，底板远离采样桶的一侧设置有第一水泵，第一水泵的进水端通过管道伸入水体环境中，第一水泵的出水端通过管道连接于储水罐的侧壁并与储水罐的内部相通，底板远离采样桶的一侧设置有第二水泵，第二水泵的进水端通过管道伸入储水罐的内部，第二水泵的出水端通过管道伸入水体环境中；本申请具有提高采集装置采集效率的效果。