本发明公开了一种平流层飞艇一体化自动化控制方法、系统及电子设备，涉及无人飞艇自动化控制技术领域，该方法主要包括根据位置信息和平流层风场分布信息，采用改进的粒子群算法，确定一条抗风量最小且不经过禁飞区的平流层飞艇的飞行路径；根据平流层飞艇的当前位置和飞行路径，采用改进的矢量场制导律，确定平流层飞艇的期望航向角；根据平流层飞艇的当前信息、期望信息以及期望航向角，结合事件触发函数和自适应跟踪控制器，对飞行路径进行跟踪。本发明能够在平流层风场分布不均匀条件下，实现平流层飞艇大范围区域内的最优化飞行控制，实现平流层飞艇对不规则曲线路径的跟踪。