本发明涉及富营养化水体深度脱氮方法，包括以下步骤：（1）树脂依次经过氯化钠溶液、稀盐酸溶液、氢氧化钠溶液预处理，去除杂质；（2）将步骤（1）预处理后所得树脂对微污染水体进行吸附；（3）将步骤（2）经过吸附后的树脂采用10%(w)的氯化钠溶液进行反洗再生，得到反洗液；（4）回收步骤（3）的反洗液中氯化钠；其中，所述树脂采用阴离子树脂。本发明的富营养化水体深度脱氮方法，能够确保出水总氮低于1mg/L，可达到地表III类水质，使得处理后污水能够直接排放到湖体。