本发明提供了一种基于交互卡尔曼模型的时变洋流估算方法及系统，所述方法包括：根据获取的目标区域洋流信息建立预设数目的洋流子模型；根据各个洋流子模型，构建对应的线性卡尔曼子滤波器；根据各个线性卡尔曼子滤波器输出的导航参数和协方差矩阵，得到子滤波器混合概率，并根据子滤波器混合概率，得到各个线性卡尔曼子滤波器的融合洋流信息；根据各个线性卡尔曼子滤波器的融合洋流信息，得到融合滤波器输出，并根据融合滤波器输出，得到时变洋流估值。本发明基于洋流多模型理论将若干个子滤波器输出按照交互多模型进行混合叠加，有效提升复杂洋流的估计精度的同时，为高精度组合导航系统提供可靠保障。