本发明提出一种基坑支护桩的设计方法及系统，该方法包括：首先获取目标支护桩的结构参数，进而计算出目标支护桩的土压力，而后使用矩阵理论改进里兹法以分离变形形函数和待定系数，而后建立变求解变形协调条件方程组和边界条件方程组得到待定系数基础解系，分段计算土压力做功，计算支护结构应变能，构建总势能方程基于最小势能原理求解待定系数反演支护桩变形，判断支护桩变形是否超过控制值，若超过控制值则调整支护结构设计参数，否则完成设计。本发明提出的方法实时预测支护桩变形，达到基坑支护桩变形控制设计效果，并提高设计精度，实现变形实测的可控，填补现行规范的空缺。