本发明涉及核科学中蒙特卡罗粒子输运计算与辐射安全分析技术领域，尤其涉及一种核设施的停堆剂量率确定方法和系统，方法包括：S1、每次发生碰撞时，计算每种次级放射性核素衰变产生的每个光子的产生率并进行求和，得到每次碰撞对应的所有光子的总产生率；根据每次碰撞时每个光子的产生率与该次碰撞时的总产生率之间的比值，从每次碰撞时所产出的所有光子中抽样光子，将每次碰撞对应的总产生率作为每次碰撞对应的抽样光子的权重，并进行光子输运计算，以在目标区域对光子进行分群计数，并结合光子通量―剂量转换因子，得到目标区域的光子的停堆剂量率分布。能够快速准确地计算得到停堆剂量率，为后续核设施的处理提供准确地数据支持。