本发明公开了动态非合作甚低频信号载波频率和相位测量系统，包括高精度模数转换器，高精度数模转换器连接有FPGA模块，FPGA模块连接有labview上位机，本发明还公开了动态非合作甚低频信号载波频率和相位测量方法，通过FPGA模块对高精度数模转换器采集的MSK信号进行波频率估计和载波相位旋转矫正，将达到精度的载波频率和相位传输到labview上位机上显示，本发明能实现快速高精度的载波频率估计，具有较强的抗噪声性和较宽的估计范围。