本发明提供了一种集装箱消毒效果评价的测试系统，系统包括：集装箱模拟模块，负责模拟集装箱的内部环境，实现不同条件下杀菌率的测定；振动控制模块，负责模拟集装箱运输过程中的振动；参数测定模块，负责测定集装箱内部的真空负压值、臭氧浓度值、振动强度值及振动时间值；中央控制模块，负责接收真空负压值、臭氧浓度值、振动强度值及振动时间值的参数，结合杀菌率得到集装箱优化的灭菌参数，实现不同条件下杀菌率的测定。本发明通过设置不同的条件实现了集装箱内部灭菌的测试，能够全面测定真空负压值、臭氧浓度、振动强度和振动时间对集装箱内杀菌率的影响，得到最佳的集装箱运输过程中的消毒参数。