本发明公开了一种涡流采样装置及采样方法，涉及微生物检测技术领域，涡流发生结构的上部设置有收集结构，涡流发生结构的内部为涡流发生腔，进气结构设置有进气口，进气口与涡流发生腔连通，收集结构的内部为收集腔，收集腔与涡流发生腔连通，采样液储存结构用于存储采样液，采样液收集结构用于收集采样液及微生物，采样液储存结构与收集腔通过采样液储存管路连通，采样液收集结构与收集腔通过采样液收集管路连通，采样液储存管路和采样液收集管路上分别设置有泵结构，收集腔内设置有传感器，传感器用于检测采样液的液面，中央控制器分别与传感器和各泵结构电连接。本发明可自动、高流速、稳定、长时间采集空气中的微生物。