本发明涉及一种水稻GAT转化事件GATV3‑96‑1的侧翼序列及其检测引物与应用。本发明提供的侧翼序列包括如SEQ ID NO.1所示的右侧翼序列和如SEQ ID NO.2所示的左侧翼序列。本发明提供检测所述侧翼序列的特异性引物SEQ ID NO.9‑10或SEQ ID NO.11‑12。采用本发明提供的特异性引物对待测水稻的DNA样品进行PCR扩增，能够特异性地指示水稻第2号染色体表达蛋白Os02g0125700的第一外显子第1344745‑1344777碱基处是否插入pC0309‑KhvMaauMCMK5400的T‑DNA片段。本发明成功实现了对转基因水稻及其衍生系实施检测和安全管理。