本发明公开了一种基于光差保护的主配一体化智能终端配置方法，包括建立基于“双花瓣”交流配网的环网网架；对所述环网网架中的每个变电站的各个出线间隔分别配置智能配电自动化终端，对所述环网网架中的每个配电站各配置智能配电自动化终端；将同一环内相邻配电站的智能配电自动化终端手拉手相连；对主电网和配电网线路配置主配一体化继电保护。该方法能够实现主网和配网保护共用一套保护配置，便于现场运维管理，解决现有技术中主网变电站馈线保护和配网保护配置繁琐、定值复杂、运维成本高的问题。