本发明公开了一种防控烟草黑胫病的生物有机肥料、制备方法和应用，涉及生物有机肥料领域，解决了现有技术中采用化学农药防控烟草黑胫病，存在抗药性、化学药剂残留、污染环境以及影响土壤微生物群落平衡的问题。该生物有机肥料包括功能菌菌粉和有机肥，功能菌菌粉为贝莱斯芽孢杆菌YWF‑17‑0005发酵培养制得的粉剂，功能菌菌粉的有效活菌数不低于2亿/g，功能菌菌粉和有机肥混合后制成的生物有机肥料的有效活菌数不低于0.2亿/g。该生物有机肥料可避免化学药剂造成烟草黑胫病病菌产生抗药性，引起防效下降，药剂用量增加的问题；还可避免农药残留、环境污染、影响土壤微生物群落平衡以及影响烟株生长发育的问题；而且还可提高烟叶安全性，有利于烟叶的出口。